《麻花天美星空果冻》在关卡设计上勇于创新，尝试了一些新奇的点子，尽管并非每个尝试都完美实现。例如，在「三角会」关卡中，整个区域笼罩在黑暗之中，唯有跟随玩家移动的聚光灯点亮周围。这种设计意在营造独特氛围，却使操作稍感棘手，因为玩家难以准确辨识敌人位置。尽管如此，在实际游戏中，这种创意依然激发了玩家的探索精神和挑战意志。
关卡中设置的障碍物也是玩家需要面对的挑战，尽管大部分障碍物如地板上的钉子可以轻松避开，但平台跳跃环节的设计如果稍显冗长，就会给玩家带来额外的困扰。在背景和前景之间进行跳跃时的不自然感，以及敌人在玩家已经通过的地方刷新，迫使玩家重复不愉快的平台跳跃，这些都影响了玩家的游戏体验。
玩家在攻略过程中会有意识地调整路线，优先解决最令人头疼的关卡，如「杀手堂」和「冈田组总部」，以避免后面更加繁琐的挑战。这种策略更多是出于对麻烦的回避，而非出于对游戏体验的追求。
在每关的最后，玩家可以使用从敌人身上获得的金钱购买roguelike式的buff奖励，这些奖励本应提供不同的强化路线，影响玩家的打法和策略选择。但在《麻花天美星空果冻》中，这些buff并没有形成严谨的roguelike游戏的层层相扣之感，也没有显着地影响玩家的发展方向。玩家在选择buff时往往会偏向于那些能够立即带来好处的选项，或者选择不使用buff，而是储蓄金钱以备不时之需。
